MLIT được tổ chức thành các cơ quan sau:[1][2]

• Thư ký Bộ trưởng (大臣 官 房, Thư ký Bộ trưởng?)
• Cục chính sách (総 合 政策 局, Cục chính sách?)
• Cục Chính sách Quốc gia và Khu vực (国土 政策 局, Cục Chính sách Quốc gia và Khu vực?)
• Cục Công nghiệp Kỹ thuật và Xây dựng và Kinh tế Đất đai (土地 ・ 建設 産業 局, Cục Công nghiệp Kỹ thuật và Xây dựng và Kinh tế Đất đai?)
• Văn phòng Thành phố (都市 局, Văn phòng Thành phố?)
• Cục quản lý nước và thiên tai (水 管理 ・ 国土 保全 局, Cục quản lý nước và thiên tai?)
• Cục Đường bộ (道路 局, Cục Đường bộ?)
• Cục Nhà ở (住宅 局, Cục Nhà ở?)
• Cục Đường sắt (鉄 道 局, Cục Đường sắt?)
• Cục Vận tải Đường bộ (自動 車 交通局, Cục Vận tải Đường bộ?)
• Cục Hàng hải (海事 局, Cục Hàng hải?)
• Cục cảng và bến cảng (港湾 局, Cục cảng và bến cảng?)
• Cục Hàng không Dân dụng (航空 局, Cục Hàng không Dân dụng?)
• Cục Hokkaido (北海道 局, Cục Hokkaido?)
• Tổng-Quản lý hoạch định chính sách (政策 統 括 官, Tổng-Quản lý hoạch định chính sách?)
• Tổng-Quản lý phụ trách các vấn đề quốc tế (国際 統 括 官, Tổng-Quản lý phụ trách các vấn đề quốc tế?)